Το Αρχαιολογικό Μουσείο Θεσσαλονίκης συνεργάζεται από τις αρχές του 2012 με το Τμήμα Ιστορίας του Ιονίου Πανεπιστημίου στο πλαίσιο του προγράμματος: Θαλής - Ιόνιο Πανεπιστήμιο - Έκδοση Επιγραφών και Τεκμηρίωση της Ιστορίας της Αρχαίας Μακεδονίας (επιστημονικός υπεύθυνος Επίκουρος Καθηγητής Ηλίας Σβέρκος).

Τα Ερευνητικά Προγράμματα «Θαλής» (συνολικού προϋπολογισμού περίπου  140.000.000€) με στόχο την Ενίσχυση της Διεπιστημονικής ή / και Διιδρυματικής έρευνας και καινοτομίας χρηματοδοτούνται από το Επιχειρησιακό Πρόγραμμα «Εκπαίδευση και Δια Βίου Μάθηση» με τη συγχρηματοδότηση του Ευρωπαϊκού Κοινωνικού Ταμείου (ΕΚΤ).

Στο πλαίσιο του συγκεκριμένου προγράμματος πρόκειται να γίνει η δημοσίευση 230 ενεπίγραφων και ανάγλυφων ενεπίγραφων μνημείων, τα οποία προέρχονται από την πόλη και τα νεκροταφεία της Θεσσαλονίκης και φυλάσσονται στο Αρχαιολογικό Μουσείο Θεσσαλονίκης. Το πρόγραμμα μελέτης προβλέπεται να ολοκληρωθεί στα τέλη του 2015 και τα μνημεία θα δημοσιευτούν σε ειδική μονογραφία.   

Εκ μέρους του Αρχαιολογικού Μουσείου Θεσσαλονίκης στο πρόγραμμα συμμετέχουν οι αρχαιολόγοι Πολυξένη Αδάμ-Βελένη, Κατερίνα Τζαναβάρη και Δόμνα Τερζοπούλου, ενώ εκ μέρους του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης ο καθηγητής Ιστορίας  Παντελής Νίγδελης.