Η ιστορία του Αρχαιολογικού Μουσείου Θεσσαλονίκης παρακολουθεί τη διαδρομή της νεότερης ιστορίας της πόλης. Η Εφορεία Αρχαιοτήτων «παρά τη Γενική Διοικήσει Μακεδονίας» ήταν η πρώτη υπηρεσία που ιδρύθηκε, τον Νοέμβριο του 1912, δεκαπέντε μόλις μέρες μετά την υπογραφή παράδοσης της πόλης στο Ελληνικό Κράτος. 

H ανέγερση του Αρχαιολογικού Μουσείου Θεσσαλονίκης ξεκίνησε το 1960, στην Πλατεία Χ.Α.Ν.Θ., σε άμεση γειτνίαση με το χώρο της Διεθνούς Έκθεσης. Ο σχεδιασμός του κτιρίου έγινε από τον επιφανή Έλληνα αρχιτέκτονα Πάτροκλο Καραντινό, σημαντικό εκπρόσωπο του μοντέρνου κινήματος της αρχιτεκτονικής στην Ελλάδα.

Οι Συλλογές του Μουσείου περιλαμβάνουν πολυάριθμα αντικείμενα που χρονολογούνται από την προϊστορική εποχή μέχρι το τέλος της αρχαιότητας. Προέρχονται από ανασκαφές που διενεργήθηκαν σε όλη τη Μακεδονία από το 1912, καθώς και από περισυλλογές και παραδόσεις.

Οι εργαζόμενοι του Μουσείου είναι οργανωμένοι σε διευθύνσεις και τμήματα σύμφωνα με την ειδικότητά τους. Όλοι μαζί υπηρετούν τον ίδιο σκόπο.

Η διοικητική οργάνωση του Μουσείου περιγράφεται στο Π.Δ. 39/2024 (ΦΕΚ 121/Α/2024)

Το Σωματείο ιδρύθηκε το 1985 με πρωτοβουλία της αείμνηστης Ιουλίας Βοκοτοπούλου, εφόρου αρχαιοτήτων, διευθύντριας τότε της Εφορείας Αρχαιοτήτων Θεσσαλονίκης όπου ήταν ενταγμένο και το Αρχαιολογικό Μουσείο.