Το Διοικητικό Συμβούλιο (ΔΣ) του ΑΜΘ είναι υπεύθυνο για τη χάραξη της πολιτικής του Μουσείου, σύμφωνα με το νομικό πλαίσιο για την προστασία της πολιτιστικής κληρονομιάς.

Διαχειρίζεται διοικητικά και λειτουργικά θέματα, εγκρίνει συμβάσεις, χρηματοδοτήσεις και προγράμματα, ρυθμίζει ζητήματα προσωπικού και ασκεί πειθαρχική εξουσία. Επίσης, επιβλέπει τον εμπλουτισμό των συλλογών, τη διαχείριση των εκθεμάτων, την ίδρυση παραρτημάτων και τη λειτουργία των πωλητηρίων.

Εγκρίνει τον προϋπολογισμό, τις δαπάνες και την οικονομική διαχείριση, ενώ ελέγχει το έργο του Γενικού Διευθυντή και των υπηρεσιών του Μουσείου.