Η Γενική Διεύθυνση του Μουσείου έχει ως βασικούς στρατηγικούς στόχους τον συντονισμό και την αποδοτική λειτουργία των υπηρεσιών του, την αξιολόγηση του παραγόμενου έργου, καθώς και τη συμμετοχή σε ερευνητικά προγράμματα και συνεργασίες με επιστημονικούς και πολιτιστικούς φορείς.

Επιπλέον, προωθεί τη χρήση νέων τεχνολογιών, την ανάπτυξη διεθνών συνεργασιών με μουσεία και την ανταλλαγή τεχνογνωσίας, με σκοπό την αναβάθμιση της έρευνας και της μουσειακής εμπειρίας.

Ο Γενικός Διευθυντής του Μουσείου είναι υπεύθυνος για τον επιστημονικό, ερευνητικό και διοικητικό προγραμματισμό, καθώς και για την υλοποίησή του.

Εκπροσωπεί το Μουσείο σε επιστημονικές, αρχαιολογικές και εκθεσιακές δραστηριότητες και έχει αρμοδιότητες που περιλαμβάνουν την εισήγηση και διοργάνωση εκθέσεων και εκδηλώσεων, τη διαχείριση οικονομικών πόρων, την αξιολόγηση των υπηρεσιών και την εποπτεία του προσωπικού.

Επιπλέον, είναι υπεύθυνος για τη σύνταξη του ετήσιου προϋπολογισμού, του ισολογισμού και της έκθεσης πεπραγμένων, καθώς και για τη διασφάλιση της εύρυθμης λειτουργίας του Μουσείου.